中枢性腹痛症候群は中枢神経が過敏になるために、体や末梢神経には何の異常もないのに痛みを知覚してしまう病気です。画像検査をしても明らかな異常は見つからず、中枢神経の機能的な異常（最近では痛みの信号を抑制できなくなることが主な原因と考えられています）によって痛みを知覚するようになると考えられています。中枢性腹痛症候群が中枢神経の機能異常なら、こちらは末梢神経の機能異常です。胃腸の運動がおかしくなったり、水分の吸収が上手くいかなくなったり、通常では痛みと感じないような正常な胃腸の動き・膨らみを痛みとして感じるようになったりします。